До боли знакомая ситуация, одно из наших структурных подразделений тоже открылось в декабре 2010г,и тоже пришла прокуратура. Одним из первых моментов попытайтесь выяснить на каком основании она пришла, ведь есть же ежегодный перечень предприятий подвергающийся проверкам который кстати утверждается генеральной прокуратурой, сначала нужно выяснить от куда ветер дует, скорее всего по жалобе, так как согласно законодательству о развитии малого и среднего бизнеса, первая проверка должна быть только через три года, для этого и даётся три года чтобы предприятие могло обеспечить себя всей необходимой документацией.Сама по себе прокуратура скорее всего возбудит дело об административном правонарушении по ст., ну а штрафовать скорее всего привлекут комитет природных ресурсов, мы вот уже в комитете прикладывали все документы (куда, чего, сдали на разработку,согласование, всю переписку, анализы сточных вод, ну и т.д.) ну в общем сделали всё чтобы не привлекли юр. лицо к ответственности, обошлось штрафом на должностное лицо- три тысячи рублей.